Первым Николаевским кораблем был 44-пушечный фрегат "Святой Николай "(спущен на воду в 1790 г.).
Длина корпуса этого фрегата была (без форштевня) 45,7 м, ширина - 12,95 м, глубина трюма составляла 4,42 м. Расчетная осадка носом - 5,84 м, кормой - 6,25 м, объемное водоизмещение - 1795 м3, весовое - 1840 т. Коэффициент полноты мидель-шпангоута - 0,74. Необходимая устойчивость обеспечивалась загрузкой 320 т твердого балласта.
По архивным данным в 1795 году, фрегат был вооружен двадцатью двумя 24-фунтовыми и двадцатью 18-фунтовыми орудиями, четырьмя 7-фунтовыми пушками и четырьмя единорогами, т. е. всего 50 орудий. (Разница в сведениях по артиллерийскому вооружению объясняется тем, что по проекту на «Святом Николае» предусматривалось 44 орудия).
Фрегат нес четыре яруса парусов, на изготовление которых, включая запасные комплекты, подвесные койки и другие нужды, ушло 8700 м2 парусины (в том числе 3500 м2 равендука, 2900 м2 канифаса и 300 м2 тика).
Уже в первом переходе в Севастополь из Очакова, где он окончательно вооружался и достраивался, "Святой Николай" показал хорошие мореходные качества. 31 июля 1791 года в составе эскадры под
командованием контр-адмирала Ф.Ф. Ушакова - главного командира Черноморского флота - он принимал участие в победоносном сражении с турками у мыса Калиакрия. Затем успешно действовал в составе объединенного российского флота в борьбе с французами в Средиземном море, штурме крепости Корфу в 1797 году.
Принимал участие в войне с Францией 1798-1800 годов.
13 августа 1798 года вышел из Севастополя в Средиземное море в составе эскадры вице-адмирала Ф. Ф. Ушакова для совместных действий с турецким флотом против Франции и 24 августа эскадра прибыла в Буюк-дере. 20 сентября русско-турецкая эскадра вышла из пролива Дарданеллы в Архипелаг. 30 сентября корабли эскадры подошли к острову Цериго и начали бомбардировку крепости Капсала, 1 октября крепость капитулировала.
13 октября эскадра прибыла к острову Занте, и на следующий день крепость острова капитулировала. На фрегате с острова Занте в Константинополь были доставлены пленные французы. 31 октября эскадра подошла к острову Святой Мавры бомбардировала крепость и высадила десант, а 2 ноября крепость капитулировала. 9 ноября эскадра подошла к Корфу и установила блокаду крепости с моря. 18 февраля 1799 года фрегат принял участие в штурме Корфу, вёл бомбардировку батареи № 2 на острове Видо и высадил десант. 15 апреля в составе отряда капитана 2-го ранга А. А. Сорокина ушёл из Корфу к южному берегу Италии. 23 апреля отряд подошел к Бриндизи, где с кораблей был высажен десант, захвативший городскую цитадель.
1 мая корабли отряда подошли к городу Мола, и после обстрела береговых укреплений город капитулировал. 2 мая с кораблей отряда был высажен десант у Бари, а 9 мая в Манфредонии. 23 июня фрегат вместе с отрядом вернулся в Корфу. 24 июля фрегат вышел из Корфу для совместных действий с английским флотом в составе эскадры Ф. Ф. Ушакова и 3 августа прибыл в Мессину. 19 августа в составе отделившегося от эскадры отряда А. А. Сорокина ушёл в направлении Неаполя для поддержки операций десантного отряда капитана 2-го ранга Г. Г. Белли, куда прибыл 25 августа.
14 октября фрегат был введен в гавань Неаполя и поставлен на килевание. В январе 1800 года был получен приказ Ф. Ф. Ушакова о возвращении отряда в Корфу, но по просьбе неаполитанского правительства и с Высочайшего повеления, фрегат остался в Неаполе. После возвращения русской эскадры в Россию, «Святой Николай» остался в Италии в составе отряда кораблей под командованием капитана второго ранга Сорокина.
Корпус фрегата прогнил и 12 апреля 1801 года его вывели из состава флота. 26 июля 1802 года его продали в Неаполе за 11 460 дукатов, а пушки с фрегата были погружены на борт фрегата «Михаил», который доставил их на Корфу.
